Hned na začátku povídání o prokaryotech se musíme vyrovnat s jejich problematickou definicí. Jedná se totiž o definici negativní. Prokaryotní buňka je každá buňka, která není eukaryotní. To znamená, že musíme vědět, jak vypadá eukaryotická buňka, a pak zjistit, které struktury buňka prokaryotní postrádá. Prokaryotní buňka postrádá především jádro (vlastní jediný zpravidla cirkulární chromozom neoddělený od cytoplazmy jadernou membránou) a membránové organely. Lepší by bylo najít nějakou strukturu či vlastnost, která prokaryota definuje, ale nic takového bohužel nemáme.  

Prokaryota jsou již tradičně dělena na dvě rozdílné skupiny. Jedná se o bakterie a archea. Tyto dvě skupiny spojují prokaryotní znaky (absence pravého jádra a membránových organel), nicméně po molekulární stránce se jedná o naprosto odlišné organizmy. Ne nadarmo jsou řazeny do samostatných domén. Vzhledem k rozdílnosti bakterií a archeí budou tyto skupiny probírány samostatně.