První archea, která byla objevena, byla ve skutečnosti známá již dlouho, nicméně byla považována za „divné bakterie“. Není se co divit. V mikroskopu vypadají archea i bakterie stejně, mají zpravidla oválné či kulovité buňky. Oba typy buněk vykazují prokaryotní členění. A do 70. let 20. století neexistovala technika, jak od sebe tyto typy buněk odlišit. Z toho důvodu se můžeme potkat s organizmem pojmenovaným Halobacterium , který se však řadí mezi archea.

První buňky, které byly identifikovány jako archea obývaly místa, o kterých si lidé mysleli, že tam nemůže nic žít. Jednalo se o horká vřídla, nesmírně slanou vodu, prostředí s pH 0 atp. Těmto „divným bakteriím“ se proto říkalo extrémofilní typy bakterií (bakterie milující extrémní prostředí). 

Teprve v sedmdesátých letech dvacátého století zásluhou Carla Woese (1928 - 2012) byli tito extrémofilové identifikováni jako nová skupina organizmů. Původně byla pojmenována archebakterie, ale aby Woese zdůraznil, že tato skupina nemá s bakteriemi mnoho společného, ​​zavedl raději pojmenování archea. Jméno archea vybral Woese záměrně. V řečtině archaia znamená starobylý. Woese si totiž představoval, že první organizmy na Zemi byly právě archea. Tehdy na Zemi panovaly skutečně extrémní podmínky, které by mohly extrémofilním archeím vyhovovat.

Jak se později zdokonalily techniky sekvenování nukleových kyselin, zjistilo se, že archea můžeme najít i v naprosto normálním prostředí, včetně našeho vlastního trávicího traktu. Otázka jak vypadal nejstarší organizmus je stále otevřená, nicméně archeím jméno zůstalo.